DIE ABENTEUER DER TEENAGE MUTANT NINJA TURTLES erzählt von den Abenteuern der vier Lieblings-Pizzahelden Leo, Raph, Donnie und Mikey, die aus den Abwasserkanälen in den Straßen von New York City auftauchen, um die Schurken, die in den Schatten des Big Apple lauern, zu besiegen. Doch nicht nur neue Gefahren drohen, auch das Teenagerleben der Vier sorgt für eine Menge Widrigkeiten.

Neben den brandneuen Geschichten trifft das Publikum auch auf neue Charaktere: Rod, ein fauler, reicher Junge, der die Mutanten so sehr liebt, dass er alles tun würde, um einer von ihnen zu werden, und Bishop, eine brillante Erfinderin, die glaubt, dass Mutanten die größte Gefahr für die Menschheit sind und dass alle von ihnen, einschließlich der Turtles, eliminiert werden müssen.